阿尔泰共和国山川巨河纵横交错，大小湖泊星罗棋布。主要河流有：卡通河—鄂毕河左侧支流，全长688公里，流域面积6.09万平方公里，它的主要支流有阿尔古特河、乔亚河、科克萨河和谢马尔河等；比亚河—鄂毕河右侧主要支流，发源于捷列茨科耶湖，全长301公里，流域面积7．3万平方公里。该共和国是西伯利亚与远东乃至俄罗斯湖泊最集中的地区之一，大小湖泊7000余个，其中多数为岩溶湖、冰碛湖和天然堤堰湖，最著名的当数捷列茨科耶湖。捷列茨科耶湖在当地素有“黄金般的湖泊”之美称，位于阿尔泰山地东北部434米高处，面积223平方公里，水深325米，优质水量40立方千米以上。该共和国地下水资源亦很丰富。冰川是该共和国水资源的重要组成部分。现已查明，冰川共计1500余处，总面积900平方公里以上，体积超过57立方千米，或者说水体积为52立方千米，超过了阿尔泰共和国河流的年均流量4万立方千米。
森林资源

阿尔泰共和国森林资源总面积368．5万公顷，其中森林覆盖面积234万公顷，森林覆盖率为41．5%，木材蓄积量为4．72亿立方米，成熟林和过熟林约占50%。针叶林占绝大多数，主要树种有西伯利亚冷杉和云杉。